神霊の乗り物の「輿（こし）」に敬語の「御（み）」をつけて御輿。
「神」の字を当てるコトも多い。　更に敬語を重ね「御神輿」なんて言います。
同じ二重敬語に「おみくじ」があります。　
もっと凄いのは「おみおつけ」で三重敬語。　携帯で変換すると「御御御付け」と出ますよ！